Berikut ini keunggulan SMP Al Musyaffa Kendal
Keunggulan pertama SMP Al Musyaffa terakreditasi A, yang kedua keunggulannya banyak prestasinya, ketiga banyak beasiswanya, dengan keunggulan ini siswa bisa meningkatkan prestasinya
Keungulan ke empat sekolah yang paling banyak jumlah siswanya sekabupaten kendal di tingkat sekolah swasta. Keunggulan selanjutnya ke lima banyak ekstrakurikulernya beragam pilihan ekstra bisa dipilih sesuai bakat dan minat siswa.
Keunggulan ke enam yang merupakan bukti ketertiban dan transparansi administrasi sekolah SMP Al Musyaffa kendal yaitu SIA (Sistem Informasi Akademik). Keunggulan selanjutnya gurunya ramah-ramah, Study tour yang menarik, dan SMP Al Musyaffa merupakan sekolah rujukan sekolah lain.